1 - Usando o Jmol para observar moléculas em 3D

Objetivos:
1. Acessar a versão online do Jmol
2. Carregar uma molécula no Jmol


Onde começar ?

      Pode-se começar a usar o Jmol de vários modos. Se for usar em seu computador ou notebook, ou mesmo a partir de uma mídia removível (pendrive), pode acessá-lo baixando, descomprimindo e executando o arquivo Jmol.jar presente na pasta principal no site do Jmol.
      Agora, se não quiser instalar nada, pode também acessá-lo online a partir de diversos sítios. Nesse Curso vamos utilizar um bem famoso, adaptado de um dos próprios desenvolvedores do programa. Basta clicar nesse link, numa nova aba.
      Alternativamente, e ao longo de todo esse Curso, você poderá copiar o código de qualquer exemplo bastando clicar no ícone de “pastinha” à direita de cada área sombreada. Pronto ! O código está copiado para a área de transferência. Agora é só colar em algum lugar (bloco de notas, ou Jmol). No caso do Jmol, copie o link abaixo e cole-o numa nova aba de seu navegador, teclando Enter em seguida.


https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=water
      Agora, clique na molécula com o botão esquerdo do mouse ou com o touchpad (para notebooks), e faça movimentos aleatórios. Ou então gire o botão do meio do mouse, ou realize gestos de afastamento e proximidade com dois dedos no touchpad. A Figura 1 que segue ilustra o resultado.


Figura 1: Tela (clicável) referente ao modelo da molécula de água renderizado em navegador pelo site do St. Olaff College.
      Essa é a essência principal ao referenciarmos a ideia de moléculas voadoras para este Curso.

Como carregar uma molécula online ?

      Pra brincar um pouco com outra molécula, experimente mudar o modelo na própria página de internete, ao final da linha. E agora seguindo o MAPA (Material de apoio pedagógico para aprendizagens).

Algumas representações de moléculas. Fonte: MAPA: ensino médio - 1º Bim. 3º Ano, p.51. Ciências da natureza e suas tecnologias.

      Vamos ilustrar isso com a estrutura da vitamina C (ácido ascórbico).
https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=ascorbic acid
      Você pode tentar fazer isso com outras moléculas, digitando seu nome em inglês, por tratar-se de um site estrangeiro. Mas é claro que o banco de dados dessa busca não é ilimitado, e por vezes o sistema não encontrará a molécula desejada.
      Mas há alternativas. Uma delas é buscar o nome da molécula em um site utlizado como banco de dados, o PubChem. Exemplificando para a vitamina C (ácido ascórbico):


Agora é com você:

  1. Entre no site do PubChem ;
  2. Procure por tylenol ;
  3. Se existir, digite esse mesmo termo ao final da linha do JSmol online, como segue, e veja se deu certo:
    https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=tylenol

Como carregar uma molécula online, mas em 2D

      Por vezes pode ser interessante a visualização estática e bidimensional de um modelo molecular. Para isso, basta acrescentar “image2d” à linha de código, como segue:
https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?model=tylenol&image2d
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