Um pouco sobre as ferramentas
Visualização de moléculas em 3D e animações - Jmol
São vários os programas disponíveis para observação e estudo tridimensional de modelos atômicos, e que cujo acesso se realiza por computador, dispositivos móveis, e mesmo pela internete. Uns são gratuitos, outros de demonstração gratuita, outros são pagos 1.
Por sua vez, o Jmol é um programa multiplataforma (Windows, Mac OS X, Linux, Unix) elaborado em Java, e que pode ser executado tanto em versão no computador (standalone), ou em browser (navegador). Diferente de programas comuns, a versão no computador não requer instalação, apenas execução de arquivo Java.
Dessa forma, o Jmol pode rodar tanto a partir de uma pasta de diretório contendo seus arquivos, como a partir de um disco rígido ou mídia removível (pendrive). Além disso é um programa de código-fonte e distribuição livres para representação de modelos moleculares tridimensionais, permite uma diversidade de visualizações e cores, movimentos de translação e rotação das moléculas, ampliação visual, cálculos de distância, ângulos, estruturas e superfícies, otimizações moleculares, e animações, dentre outros. Existe um número muito grande de portais na internet que utilizam o Jmol, a começar pela lista disponível na página da comunidade Wiki.
Complementarmente, o acesso ao Jmol pode ser realizado pela internete, sem a necessidade de arquivos no computador. Dentre os diversos sites que possuem o applet JSmol que permite esse acesso, sugerimos clicar na imagem abaixo, que direcionará ao applet do website da St. Olaf College, ilustrando uma molécula de água:
Gráficos animados, simulações, e visualização cartográfica
R é um software gratuito e de código aberto, originalmente desenvolvido para computação estatística e gráficos. Roda-se o R em diversas interfaces de usuário (GUI, Graphical User Interface), dentre as quais destaca-se o RStudio, um ambiente de desenvolvimento integrado (IDE) também gratuito. O Rstudio possui também uma versão online gratuita, acessível pelo site RStudio Cloud.
Pode-se trabalhar com o Rstudio para coisas simples, como calculadora, editor de texto, gráficos e tabelas, mas também para um largo espectro de atividades, em função de sua expansibilidade por pacotes instaláveis. Esses pacotes são obtidos no site oficial do projeto - R CRAN, bem como desenvolvidos e disponibilizados por iniciativas individuais em sites autorais.
Para se ter uma ideia desse espectro, alguns pacotes (library) permitem análise e criação de textos, interface para auxílio a portadores de deficência visual, animações, gráficos e tabelas de qualidade de publicação técnico-científica, manipulação e anaĺise de dados e de imagens, música, arte, Ciência de Dados, internet das coisas (IoT), linguagem profunda de máquina, e mesmo inteligência artificial.
Para a pesquisa científica o
R possui diversos pacotes direcionados a temas específicos e bem diversos, como Ecologia, Estatística, Matemática, Física, Biologia, Química, Artes, Geografia, Geologia, e História, dentre muitos.
Entre os diversos pacotes oficiais (na verdade, mais de 20 mil!), existem alguns que permitem a elaboração de objetos didáticos nos moldes do subtítulo retro.
Para este Curso será essencialmente utilizado apenas um pacote: ‘plot_ly’, para a produção de gráficos interativos e de mapas interativos.